專業健檢機構，並不像一般醫院尚有門診及住院病患， 做健康檢查時需要和住院病患相互配合。 所以，內部設計完全是針對健檢的需要而規畫，流程也有別於一般醫院的安排。
在選購健檢儀器時，不但考慮其精準性，更重視儀器的檢測速率。如此一來，成本雖然昂貴許多，但也大幅節省了檢查的時間。
受檢者在檢查前即被要求需「空腹六至八小時」及事先採集糞便，如此也可節省受檢時間。
對於醫檢護人員的各項訓練，均以健檢的需要做安排，各醫護人員每日的工作也以健檢為主，其技術的熟練性，也會減低作業時的錯誤與減少操作上所花的時間。
運用電腦刷卡和各站螢幕顯示器，採交叉受檢方式安排次序，大幅縮短了等待受檢的時間。
整體流程透過電腦即時作業系統，例如：生化儀器採電腦自動連線，醫師診斷採電腦化題庫連線。所以，全程檢查結束時，各項檢查結果報告幾乎也同時完成了。
受檢者在健檢前，即需要事先填妥電腦健康調查卡，回答有關個人病史、家族病史、生活習慣、飲食狀況等基本資料，檢查當天，醫師即可經電腦讀卡，獲得受檢者的基本資料，縮短醫師問診及健檢總結時間。
有如此完善的檢查流程安排，即可在很短的時間內，完成各項應有的檢查項目， 這正是自動化健檢為何在檢查項目上均與教學醫院大同小異，但可以在四個小時內完成全部檢查項目的原因了。至於健檢品質是否可靠，不是取決於檢查時間的長短或醫院的大小，而應視其品管作業是否完善，只要確實執行品管作業，其品質是可靠的。
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